Au village caché de Konoha, les enfants sont entraînés, dès leur plus jeune âge, afin de devenir des ninjas. Le Hokage,(se prononce hokagué) protecteur et chef du village, est reconnu comme étant le ninja le plus puissant.

Il y a de cela 12 ans, le démon renard à neuf queues, entreprit la destruction du village de Konoha, mais le Quatrième Hogage stoppa ce démon en le scellant dans le corps d'un nouveau né : Naruto Uzumaki. Avant de mourir, le Quatrième Hogage fit promettre aux habitants de reconnaître l'enfant comme un héros pour le village et qu'il serait dorénavant tabou de raconter ce qui s'est passé. Mais les habitants ne ressentirent pour lui que l'aversion qu'ils éprouvaient pour le démon renard.

L'histoire commence pendant l'adolescence de Naruto (vers ses 12 ans). Orphelin et éternel cancre, il fait toutes les bêtises possibles pour se faire remarquer. Son rêve: devenir Hokage afin d'être reconnu par ses pairs dans son village. En effet, le démon scellé en lui, à son insu, a attisé la crainte et le mépris des autres villageois, qui, avec le temps, ont fini par assimiler le démon à Naruto.

Au cours de la première partie de cette série, le lecteur suit les aventures de Naruto et de ses compagnons, Sakura Hanuro et Sasuke Uchiwa, au travers de leur entraînement au combat et des diverses missions qu'ils sont conduits à mener.

Shipudden :

La seconde partie (en cours, appelée Naruto Shippūden) se recentre autour de Naruto, 2 ans et demi plus tard : chacun des personnages a évolué, et la trame scénaristique se complexifie. Akatsuki, une organisation secrète, recherche tous les Jinchūriki (porteur de démon aussi appelé réceptacle) pour leur retirer leur bijū (démon) et à l'aide d'un jutsu, les sceller dans une sorte de statue. Naruto et Gaara sont donc en danger.